AppleScriptを使うと簡単に叩けます。
tell application "Skype"
send command "MESSAGE echo123 check" script name "My Script"
end tell
tell application "Skype"
send command "CALL echo123" script name "My Other Script"
end tell
コイツを使ってPerlのSkype APIラッパーを書きたいなと思いました。